登記・供託オンライン申請システムが提供するPDF署名プラグインソフトを使用して、アドビアクロバットでPDFファイルに電子署名を付与することができる、とのことでしたのでチャレンジしてみました。
今回使用したソフト等
・Adobe Acrobat XI Pro（有償で購入）
・PDF署名プラグイン（登記ネット供託ネットから無料でダウンロード可）
・電子証明書(セコムパスポート)
設定手順
事前に Adobe Acrobatを別途用意（有料）し，ＰＣにインストール。
http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/download.html#PDFPlugin からダウンロードできる「ＰＤＦ署名プラグインインストールガイド」の記載にしたがって、PDF署名プラグイン「SignedPDF」をインストール。
Acrobat を立ち上げて、Acrobatのメニューから[編集(E)] → [環境設定(N)] → [一般(G)]をクリック。
表示された「環境設定」画面で[署名]を選択し、電子署名の「作成と表示方法」にある「詳細…」ボタンをクリック。
「デフォルトの署名方法 (M)」から [SignedPDF] を選択し、[OK]。
Acrobatのメニューから[編集]-[環境設定]-[SignedPDF]をクリック。
[証明書ストア]を選択し、[証明書ストア管理ツール]をクリック。
「メニュー」で[初期化]を選択してパスワードを入力。
[追加]をクリックし、原本を保存しているUSBメモリからファイルを選択し、パスワード（PINコード）を入力してインストール。
印影をPDFにして保存し、「PDF印影情報」で保存した印影PDFファイルのパスを選択。
書名の実行
メニューアイコンの「署名」―「電子署名」を選択、「証明書を使用して署名」をクリックし、ドラッグして領域を指定。
「電子署名を行います。よろしいですか。」と表示されるので「はい」。
「署名者情報入力画面」が表示されるので、名前、パスワード等必要な情報を
入力し、「OK」。
PDFファイル上に、印影が表示されました！